C’est Valentino Rossi qui décroche la pole position au terme de la séance qualifcative à Misano . Le pilote italien devance la Honda Repsol de Dani Pedrosa et la Yamaha de son coéquipier Jorge Lorenzo. Toni Elias est 4ème au guidon de sa Honda Gresini juste devant la Tech 3 Yamaha de Colin Edwards qui complète le top 5.
Valentino Rossi réalise donc le meilleur chrono de la séance en 1.34.338. Il remporte la pole position pour la 6ème fois cette saison. Mais c’est pourtant Dani Pedrosa qui semblait tenir la pole avec un chrono de 1.34.560, mais dans les dernières minutes Rossi s’est finalement montré le plus rapide.
Derrière Jorge Lorenzo aura besoin d’être à son meilleur niveau en course demain pour pouvoir de nouveau rivaliser avec Rossi. L’italien a en effet à coeur d’oublier rapidement son erreur d’Indianapolis en remportant la victoire ce week-end.
Derrière le top 5 on retrouve Nicky Hayden, Alex de Angelis, Dovizioso, De Puniet et Capirossi.
Le classement en détail:
| Position | Pilotes | Equipes | Chronos |
| 1 | V. Rossi | Yamaha Factory Racing Team | 1:34.338 |
| 2 | D. Pedrosa | Repsol Honda Team | 1:34.560 |
| 3 | J. Lorenzo | Yamaha Factory Racing Team | 1:34.808 |
| 4 | T. Elias | Honda Gresini | 1:34.907 |
| 5 | C. Edwards | Tech 3 Yamaha | 1:35.184 |
| 6 | N. Hayden | Ducati Marlboro Team | 1:35.223 |
| 7 | A. de Angelis | Honda Gresini | 1:35.343 |
| 8 | A. Dovizioso | Repsol Honda Team | 1:35.492 |
| 9 | R. de Puniet | Honda LCR | 1:35.554 |
| 10 | L. Capirossi | Rizla Suzuki MotoGP | 1:35.561 |
| 11 | M. Kallio | Ducati Marlboro Team | 1:35.601 |
| 12 | M. Melandri | Kawasaki Racing Team | 1:35.785 |
| 13 | C. Vermeulen | Rizla Suzuki MotoGP | 1:35.790 |
| 14 | J. Toseland | Tech 3 Yamaha | 1:36.070 |
| 15 | A. Espargaro | Pramac Racing | 1:36.228 |
| 16 | N. Canepa | Pramac Racing | 1:36.264 |
| 17 | G. Talmacsi | Team Scot Racing | 1:37.091 |
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